L'écosystème marin est défini comme un ensemble de systèmes d'interconnexion entre la faune et la flore des zones côtières (littoral).

L'île de São Tomé, présente, à l'ouest, un relief très accidenté avec de grandes montagnes qui se prolongent jusqu'à la mer qui la pénalise avec une superficie très petite de 436 km² correspondant à 0,52 fois la partie émergée. L'île de Principe, privilégiée par son relief moins abrupte, dispose d'une superficie de 1025 km² représentant une surface de 8,6 fois supérieure à la partie émergée. Cette dernière île dispose d'une extension exceptionnelle de sa plate-forme correspondant aux deux îlots des Tinhosas (Tinhosa Grande et Tinhosa Pequena). L'ensemble des plates-formes continentales représente une surface de 1572 km² pour 1001 km² émergé. Les plages, qui se trouvent vers la fin des baies sont relativement nombreuses et sont distribuées de manière très inégale. On en compte au total 49 dont 33 à São Tomé et 16 à Principe. Baigné par l'océan Atlantique, le pays dispose d'une zone côtière très découpée d'environ 260 km de long et une très large zone économique exclusive. Ce sont plusieurs habitats qui composent l'écosystème côtier, formé par des plages, des côtes rocheuses, des embouchures et des littoraux inondés, où prédominent diverses formes de vie. La production d'algues marines est relativement limitée par le fait que la plate-forme continentale soit très étroite et dû à sa faible profondeur.

L'écosystème de la zone de transition d'eau salubre, habité par des mangroves est très particulier. Il est caractérisé par l'existence d'une riche biodiversité constituée d'une faune et d'une flore dense, ainsi que de ressources minérales et hydriques importantes. La disponibilité d'eau douce dans la zone côtière est très limitée, dû à l'intrusion de l'eau salée dans les nappes phréatiques. Les principaux gisements de minéraux se trouvent dans la zone offshore comme le pétrole.

Aujourd'hui, le littoral santoméen est soumis à une érosion très active dû à l'exploitation, dans les berges, de matériaux de construction (sables et autres inertes).

Principaux Problèmes socio-environnementaux liés à l'écosystème Marin

• Utilisations de dynamite pour la pêche
• Utilisations de pêches non sélectives
• Érosion côtière
• Extraction illégale de sables des plages
• Utilisation inadéquate de pesticides (domestiques et agricoles), canalisés des rivières vers la mer.