Ecossistema marinho é assim definido como um conjunto de sistemas de interligação entre a fauna e flora das zonas costeiras (litoral).

A ilha de S. Tomé, apresenta na sua parte oeste um relevo bastante acidentado com grandes montanhas que se prolongam até ao mar que a penaliza com uma plataforma bastante pequena de 436 km2 correspondente à 0,52 vezes da parte emersa. A ilha do Príncipe, avantajada pelo seu relevo menos abrupto, dispõe de uma plataforma de 1025 km2 representando uma superfície de 8,6 vezes superior a parte emersa. Esta última ilha dispõe de uma extensão excepcional da sua plataforma correspondendo aos dois ilhéus das Tinhosas (Tinhosa Grande e Tinhosa Pequena). O conjunto das plataformas continentais representa uma superfície de 1572 km2 para 1001 km2 emersa. As praias, encontradas no fundo das baias, são relativamente numerosas e muito desigualmente repartidas. Podemos enumera-las em 49 sendo 33 em S. Tomé e 16 no Príncipe. Banhado pelo oceano Atlântico, o País dispõe de uma zona costeira bastante recortada de cerca de 260 Kms de extensão e uma ampla zona económica exclusiva. São vários os habitats que compõem o ecossistema costeiro, formado por praias, costas rochosas, estuários e litorais alagados, onde predominam diversas formas de vida. A produção de algas marinhas é relativamente limitada pelo facto da plataforma continental ser muito estreita e devido a sua fraca profundidade.

O ecossistema da zona de transição de água salubre, habitado por mangais é muito peculiar. Caracteriza-se pela existência de uma rica biodiversidade constituída por uma fauna e flora abundante, assim como de recursos minerais e hídricos importantes. A disponibilidade de água doce na zona costeira é muito limitada, devido a intrusão da água salgada nos lençóis freáticos. Os principais jazigos de minérios encontram-se na zona offshore como o petróleo.

Hoje, o litoral Santomense está submetido a uma erosão muito activa devido à exploração, nas ribanceiras, de materiais de construção (areias, e outros inertes).

Principais Problemas Sócio – ambientais afectos ao ecossistema Marinho

• Usos de dinamite na actividade piscatória
• Usos de artes de pescas não selectiva
• Erosão costeira
• Extracção ilegal de areias das praias
• Uso inadequado de pesticidas (doméstico e agrícola), canalizado do rio para o mar.